16S / ITS 扩增子规范分析流程
将一次性分析整理为支持 Illumina 与 PacBio 数据的可复现工作流，并用两套真实数据做全流程回归。
生物信息学可复现工作流微生物生态
要解决的问题
扩增子分析很容易停留在“这次跑通了”的状态：脚本、数据库、参数和环境散落在不同目录，下一批数据到来时无法确定变化来自生物学还是流程漂移。
这个项目的目标，是把 16S / ITS 分析整理成一个有固定入口、版本基线、运行来源记录和真实数据回归的规范工作流。
当前能力
- 支持 Illumina paired-end 与 PacBio CCS / HiFi 数据；
- 支持 16S、ITS 以及二者联合项目；
- 覆盖 ASV、分类注释、系统发育、组成与多样性分析等常见环节；
- 新项目通过引用规范流程保持代码统一，同时隔离数据与结果；
- 维护文件清单、版本基线与运行来源记录。
验证范围
截至 2026-08-28，两套真实数据完成全流程回归：Illumina 项目 132 / 132 步，PacBio 项目 112 / 112 步，退出码均为 0；规范流程清单 100 项校验通过。
必须说明的局限
“流程回归通过”不等于每一种统计结论都自动适合发表。Alpha 多样性统一深度、Beta 离散度、部分网络与差异分析等方法仍需要按具体研究设计复核。项目页面会持续区分工程验证和方法学适用性。